En el año 1979, se inició la construcción de las rampas para el terminal de transbordadores de Puerto Montt, la que finalizó en el segundo semestre de 1980.
La Empresa Portuaria Puerto Montt, fue creada por Ley N° 19542 del Ministerio de Transportes y Telecomunicaciones, publicada en el Diario Oficial el 19 de diciembre de 1997, la cual moderniza el sector portuario estatal.
Su primer Directorio se constituyó el día 01 de julio de 1998 conforme al Decreto Supremo N° 154 del 24 de junio del mismo año, dándose inicio a las actividades comerciales.
La Empresa Portuaria Puerto Montt, se constituye como persona jurídica de derecho público, siendo organismo del Estado con patrimonio propio, continuadora legal de Empresa Portuaria de Chile en todas sus atribuciones, obligaciones y bienes según lo dispuesto por la Ley N° 19.542/97. Su duración es indefinida y se relaciona con el Gobierno por intermedio del Ministerio de Transporte y Telecomunicaciones.
Empresa Portuaria Puerto Montt, está sujeta a las mismas normas financieras, contables y tributarias que rigen para las sociedades anónimas abiertas.